به جرئت می‌توان گفت جدای از نوع رویکرد استبداد مذهبی حاکم بر ایران، عوامل دیگری نیز در بی‌صداماندن جامعه خداناباور در ایران دخیل هستند. از جمله این عوامل می‌توان به هراس بسیاری از خداناباوران از ابراز عقیده خود اشاره کرد؛ هراس از نوع واکنش متعصبان مذهبی.
تعصب مذهبی در جامعه ایران ریشه‌ای بسیار کهن دارد و ربطی به نوع حکومت حاکم ندارد. حتی می‌توان گفت یکی از عواملی که موجب برکشیده‌شدن جمهوری اسلامی در ایران شد، تعصب مذهبی بخشی از جامعه بود. بخشی از جامعه که همه جامعه ایران را شبیه به خود می‌خواست.
خداناباوران در ایران چنان تنها و بی‌صدا هستند که حتی نمی‌توان گفت آنان واقعا اقلیت هستند یا خیر! چنانکه بعضا به کنایه در فضای مجازی می‌خوانیم بخش زیادی از ایرانیان خداناباور هستند؛ خداناباورانی که از بیان باور خود ابا دارند.
در گزارشی که در سال ۱۳۹۶ از سوی «اتحادیه بین‌المللی انسانی و اخلاقی» درباره تبعیض علیه خداناباورها منتشر شد، ایران از نظر نقض حقوق غیرمذهبی‌ها در جمع ۱۲ کشور «وخیم» قرار گرفته بود. در این گزارش، وضعیت غیرمذهبی‌ها در ایران، «بدترین شرایط» توصیف شده بود.
اگر مدارا را عنصری فرهنگی قلمداد کنیم، باید در نظر بگیریم گسترش آن نیز امری فرهنگی – و نه لزوما سیاسی – است. تردیدی نیست نوع حکومت حاکم در گسترش یا سرکوب مدارا موثر است اما در نهایت این اقشار مختلف جامعه هستند که بایستی مدارا را در زندگی خود جاری سازند.
آیا پسندیده نیست مدارا با خداناباوری را از خداناباوران پیرامون خود آغاز کنیم؟