استقرار نظام جمهوری اسلامی در ایران را می‌توان استقرار نظامی ضد مدارای مذهبی و رواداری و تساهل دانست. خمینی به عنوان رهبر نظام تازه تاسیس، در راه تاسیس جمهوری اسلامی ابایی از بیان باورهای ضدتساهل مذهبی نداشت.
این را می‌توان از نگاه او به باورمندان مذاهب و باورهایی جز مذهب شیعه جستجو کرد. نگاهی که از سال‌های پیش از بهمن ۵۷ قابل شناسایی بود.
به عنوان نمونه خمینی در یک فتوای خود در سال ۱۳۴۳ بهائیان را «کافر، ضاله و نجس» دانسته بود. به باور او بهائیان نبایستی وارد «حمام مسلمین» می‌شدند. او بهائیان را در نگاهی آشکارا سیاسی و توطئه‌پندارانه، مرتبط با نظام سیاسی اسراییل می‌دانست و در اردیبهشت ۱۳۴۲ آنان را «فرقه ضاله دست‌نشانده اسراییل» نامیده بود.
می‌توان تصور کرد چنین اتهامی به بهائیان چه اندازه در ایجاد نفرت از بهائیان در میان مسلمانان می‌توانست موثر باشد. خمینی حتی در انتقاد از شاه ایران نیز تلاش می‌کرد او را به بهائیان منتسب کند. به عنوان نمونه او وقتی می‌خواهد از تلاش‌های شاه در راستای ایفای حقوق زنان انتقاد کند چنین می‌گوید:
«تساوی حقوق زن و مرد، رأی عبدالبهاء است؛ آقایان از او تبعیت می‌کنند. آقای شاه هم نفهمیده می‌رود بالای آنجا، می‌گوید: تساوی حقوق زن و مرد. آقا! این را به تو تزریق کردند که بگویند بهایی هستی، که من بگویم کافر است.»
خمینی بر این باور خود چنان پایدار بود که در آستانه پیروزی انقلاب ۵۷ نیز در فرانسه درباره بهائیان گفته بود: «آنها یک حزب سیاسی هستند؛ مضرّند. مقبول نخواهند بود».
در همان فرانسه وقتی از خمینی پرسیده شد آیا بهائیان برای انجام مناسک دینی خود آزاد خواهند بود، خمینی صراحتا پاسخ داد: «نه».
بدیهی بود چنین فردی وقتی در رأس یک نظام سیاسی قرار بگیرد تمام تلاش خود را علیه بهائیان به کار خواهد بست. بلافاصله پس از پیروزی انقلاب ۵۷ آزار سیستماتیک بهائیان ایرانی آغاز شد.
به عنوان یک نمونه در مرداد ۱۳۵۹ پاسداران انقلاب اسلامی به جلسه محفل روحانی بهائیان در تهران حمله کردند و افراد این محفل – کامبیز صادق‌زاده میلانی، هوشنگ محمودی، ابراهیم رحمانی، حسین نجی، عبدالحسین تسلیمی، منوچهر قائم‌مقامی، یوسف خراسانی قدیمی، بهیه نادری و عطاالله مقربی و دو عضو دیگر – را با خود بردند. تاکنون – یعنی بهمن ۱۴۰۱ – هیچ نشانی از آنان به دست نیامده است.
دهه ۶۰ اوج ترور و اعدام بهائیان بود. براساس گزارش جامعه جهانی بهایی ۱۵۷ شهروند بهایی طی دهه ۶۰ به اتهام باورمندی به بهاییت یا اعدام شدند یا به قتل رسیدند که ۱۹ نفر از این تعداد را زنان بهایی تشکیل می‌دهند.