جمهوری اسلامی پیش از هر چیز یک استبداد مذهبی است و در این استبداد مذهبی یکی از گروه‌هایی که در زیر شدیدترین فشارها قرار دارند، خداناباوران و دین‌ناباوران هستند. جمهوری اسلامی افرادی را به علت باور مذهبی یا عقیدتی متفاوت اعدام کرده است؛ می‌توان از محسن امیراصلانی نام برد که جمهوری اسلامی او را به علت تفسیر متفاوت از قرآن و آنچه خود، «توهین» امیراصلانی به «حضرت یونس» می‌نامید اعدام کرد.
می‌توان از یوسف مهراد و صدرالله فاضلی زارع نام برد که بنا به آنچه جمهوری اسلامی «سب النبی و اهانت به مقدسات اسلامی» نامیده بود، در زندان اراک اعدام شدند. این‌ها صرفا چند نمونه معدود از ستمگری آشکار جمهوری اسلامی علیه خداناباوران و دین‌ناباوران بودند. در یکی از آخرین نمونه‌ها نیز جمهوری اسلامی، شهریار بیات، زندانی سیاسی ۶۴ ساله و از بازداشت‌شدگان جنبش زن، زندگی، آزادی، را به اتهام سب‌النبی به اعدام محکوم کرده است. دادگاه کیفری تهران اتهام شهریار بیات را توهین به پیامبران از جمله پیامبر اسلام و عیسی مسیح و نیز کتب مقدس دانسته است. بیات اکنون در اردیبهشت فروردین ۱۴۰۳ در زندان بسر می‌برد.
نکته مهم اما اینجاست که جمهوری اسلامی در بالاترین سطوح نیز تلاش می‌کند نفرت‌پراکنی علیه خداناباوران را پیش ببرد و حتی آنان را به اتهامات سیاسی متهم کند. به عنوان نمونه می‌توان به وبسایت رسمی علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی اشاره کرد. در این وبسایت در گفتگویی با عنوان «تابلوی توطئه» که با فردی به نام «محمدمهدی ایمانی‌پور» در شهریور ۱۴۰۲ انجام شده است، ضمن نفرت‌پراکنی گسترده علیه دین‌ناباوران، تلاش می‌شود دیدگاه‌های دین‌ناباورانه به حمایت دولت اسرائیل نسبت داده شود. ایمانی‌پور رییس سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی است.
سازمانی که اساسنامه آن را شخص علی خامنه‌ای تصویب کرده است. یا به عنوان نمونه‌ای دیگر می‌توان به یادداشتی در روزنامه کیهان تهران اشاره کرد که مدیریت آن نیز از جانب شخص علی خامنه‌ای تعیین می‌شود. در این روزنامه نیز در یادداشتی، نویسنده با کنایه به خداناباوران، ایده‌های آنان را به صورت تلویحی الهام‌گرفته از بی‌بی‌سی فارسی، فاکس نیوز، صدای آمریکا می‌خواند و این رسانه‌ها را نیز «بازوهای اختاپوسی» می‌نامد.
این صرفا دو نمونه از نفرت‌پراکنی علیه خداناباوران در بالادست‌ترین سطوح رسانه‌ای و سیاسی است که به صورت مستقیم به شخص رهبر جمهوری اسلامی باز می‌گردد. بدیهی است در چنین فضایی، خداناباوران ایرانی هیچ احساس امنیت جانی و روانی نداشته باشند.